Die Forschungsagenda benennt relevante Themenfelder und Fragestellungen für die Forschung in den Aufgabengebieten des BASE, sie deckt einen Zeitraum von vier Jahren ab. Das BASE betreibt Forschung in allen Bereichen, die zur Erfüllung seiner komplexen und verantwortungsvollen Aufgaben wissenschaftlich zu bearbeiten sind.